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Cette étude de trans-omique métabolique révèle que la maladie d'Alzheimer est caractérisée par une régulation coordonnée à la baisse des voies de production d'énergie, notamment le cycle de Krebs et la phosphorylation oxydative, entraînant des déficits bioénergétiques dans le cortex préfrontal.
L'article présente TwinCell, un modèle causal cellulaire à grande échelle qui identifie des cibles thérapeutiques interprétables en généralisant les données de perturbations in vitro aux cellules dérivées de patients via un interactome multi-omiques, surpassant ainsi les méthodes existantes pour la découverte de médicaments.
Cette étude du consortium MoTrPAC révèle que l'exercice d'endurance et de résistance déclenchent des réponses moléculaires distinctes et temporellement séquentielles dans le muscle squelettique humain, où les modifications épigénétiques et métaboliques précèdent les changements transcriptomiques et protéomiques, conduisant à des signatures régulatrices spécifiques pour chaque type d'entraînement.
Cette étude révèle que le métabolite circulant nicotinique riboside (NaR), dont le rythme est contrôlé par l'horloge circadienne hépatique, module la différenciation des adipocytes et l'homéostasie des protéines via le complexe prefoldin et la réponse aux protéines mal repliées de manière dépendante du temps.
Cette étude présente dAMN, un modèle hybride combinant réseaux de neurones et analyse de flux dynamique à l'échelle du génome, capable de prédire avec une grande précision les courbes de croissance bactérienne et les dynamiques d'adaptation dans divers environnements nutritifs.
L'étude du consortium MoTrPAC a démontré que l'exercice d'endurance et l'exercice de résistance induisent des réponses physiologiques et moléculaires distinctes, tant aiguës que chroniques, chez des participants sédentaires, fournissant ainsi un cadre pour comprendre les mécanismes sous-jacents aux bienfaits de ces deux modes d'entraînement sur la santé.
Cette étude propose l'utilisation de l'estimation neuronale de la vraisemblance postérieure pour inférer efficacement les paramètres de modèles stochastiques spatiotemporels complexes décrivant la migration cellulaire, en contournant les limitations des méthodes traditionnelles comme la vraisemblance approximative et en permettant une analyse directe à partir de données brutes ou de statistiques résumées.
Cette étude intègre des analyses multi-omiques et multi-caractéristiques pour identifier et valider des gènes régulateurs clés, notamment MLIP, dans la progression de la maladie hépatique stéatosique associée au dysfonctionnement métabolique (MASLD), tout en offrant un portail web interactif comme ressource pour la communauté scientifique.
En utilisant un marquage métabolique au 13C-lysine, cette étude démontre que la fibrose rénale liée à l'âge est principalement causée par une dégradation altérée de la matrice extracellulaire, caractérisée par une demi-vie considérablement prolongée des composants du basement membrane et une réduction de l'accessibilité des sites de liaison aux protéases.
Cette étude compare trois cadres computationnels appliqués à des données de transcriptomique monocellulaire de glioblastome pour révéler que les macrophages associés aux tumeurs constituent la population métaboliquement dominante du microenvironnement tumoral, présentant des flux spécifiques et une régulation transcriptionnelle lipidique qui en font une cible thérapeutique prometteuse.
Cet article propose une taxonomie des problèmes de contrôle des réseaux booléens pour expliquer les incohérences entre les outils existants, en introduisant un cadre de comparaison et un nouveau score de co-occurrence des mutations pour prioriser les cibles thérapeutiques de manière fiable.
Cette étude révèle que l'histoire de stress des bactéries induit un état de tolérance transitoire lors de leur résuscitation, les rendant particulièrement résistantes aux bêta-lactamines et favorisant la repousse rapide des populations sous des schémas posologiques sous-optimaux.
En combinant des simulations numériques et des mesures cellulaires, cette étude révèle que les corécepteurs du système de signalisation TGFβ inhibent généralement la signalisation plus souvent qu'ils ne la favorisent, agissant ainsi comme des interrupteurs compétitifs qui modulent la perception des ligands grâce à leur expression variable.
Cet article propose la Théorie Généralisée de la Morphogenèse, un cadre de modélisation fondé sur une formulation « flux-inertie » qui unifie la dynamique des structures dissipatives à travers différentes échelles, de la croissance des cultures à la régulation génétique, en identifiant des motifs dynamiques récurrents et des motifs de conception canoniques.
Cet article propose un cadre mathématique unifié pour comparer les méthodes de modélisation de réseaux biologiques à partir d'un seul échantillon, révélant un compromis critique entre précision et spécificité et suggérant des synergies méthodologiques pour améliorer les inférences futures.
Cet article présente AOPGraphExplorer 2.0, une plateforme interactive basée sur des graphes qui enrichit l'exploration des voies d'issue indésirables (AOP) en intégrant des annotations mécanistiques multi-domaines et en facilitant l'analyse systémique pour la toxicologie et l'évaluation des risques.
En utilisant un pipeline robotisé et l'apprentissage automatique sur un modèle de levure, cette étude cartographie le remodelage spatiotemporel du protéome au cours du vieillissement et révèle que des déterminants biophysiques structurels sous-tendent la dégradation spatiale des protéines.
En établissant un atlas spatial de protéines à l'échelle cellulaire chez la levure, cette étude révèle que les hallmarks du vieillissement résultent d'une perte de confinement spatial et d'interconnexions moléculaires hiérarchiques, dont 91,6 % sont conservées chez l'humain.
Cette étude démontre que la supplémentation en vitamine D atténue les effets inflammatoires et pro-coagulants du vapotage chez les rats femelles, tout en réduisant les niveaux de nicotine et de cotinine.
Cette étude rétrospective menée à Vanderbilt démontre que l'âge avancé des receveurs de greffe cardiaque est associé à une diminution du rejet allogreffe et à des changements transcriptomiques spécifiques liés à l'immunosénescence, soutenant ainsi une approche plus personnalisée de l'immunosuppression pour cette population vieillissante.